MONAI Label · 标注

交互式标注
用于医学影像

这是一个带有主动学习功能的服务器端标注引擎:它能建议下一个需要标注的影像卷,根据你的修改优化预测结果,并可直接接入 3D Slicer、OHIF 和 MITK。支持 DICOM 和 NIfTI 格式的输入与输出。

功能

在您现有的查看器中提供 AI 辅助

MONAI Label 作为您查看器后台的服务器运行。标注员保持原有的工具使用习惯;模型则不断从您的每一次修正中学习。

AI 辅助标注

交互式模型(DeepEdit 和 DeepGrow)可将几次点击转化为完整的 3D 分割结果

当您进行修正时,预测结果会实时优化

在后台微调 UNet、UNETR 和 SwinUNETR 主干网络

临床集成

提供 3D Slicer、OHIF 和 MITK 的原生插件,以及对 QuPath、DSA 和 CVAT 的支持

直接读取 DICOMweb/PACS 或本地文件夹中的影像研究

多用户共享同一个服务器进行标注

可扩展平台

应用程序基于纯 Python:可轻松替换为您自己的模型和推理逻辑

可插拔的主动学习策略(随机、认知、自定义)

用于与现有标注流水线集成的 REST API

应用场景

针对三个影像领域的现成应用程序

每个示例应用程序均预配置了模型和查看器集成。无需编写代码即可在您的领域开始标注。

Radiology Use Case

放射学

通过 3D Slicer、OHIF 或 MITK,在 CT 和 MRI 上进行器官分割、肿瘤勾画和解剖测量,并预集成了 DeepEdit 和分割模型。

Pathology Use Case

病理学

针对全切片影像进行细胞检测和组织分类,集成了 QuPath、Digital Slide Archive 和 CellProfiler,适用于显微尺度数据。

Endoscopy Use Case

内窥镜

进行息肉检测和手术工具跟踪,集成了 CVAT 以实现高效的逐帧标注和自动传播。

快速入门

只需四个命令即可从零构建标注服务器

安装软件包,获取放射学应用程序及示例数据集,然后启动服务器。接着从 3D Slicer 或 OHIF 连接,开始 AI 辅助标注。

1

安装 MONAI Label

执行一次 pip install 即可获得服务器、CLI 工具和示例应用程序工具链。

$ pip install monailabel

2

下载放射学应用程序

预配置了用于 CT/MRI 的 DeepEdit 和分割模型。

$ monailabel apps --download \
    --name radiology \
    --output apps
3

下载示例数据集

医学分割十项全能(Medical Segmentation Decathlon)中的脾脏任务是一个很好的入门数据集。

$ monailabel datasets --download \
    --name Task09_Spleen \
    --output datasets
4

启动服务器

将您的查看器指向服务器 URL 并开始标注。

$ monailabel start_server \
    --app apps/radiology \
    --studies datasets/Task09_Spleen/imagesTr \
    --conf models deepedit

主动学习

每一次修正都让下一次标注更轻松

服务器会根据模型不确定性对未标注的影像卷进行评分,并优先推送信息量最大的影像,从而将标注精力集中在最能提升模型能力的样本上。

Active Learning Framework Diagram
50–80%

减少标注时间

2x

更快的模型收敛速度

90%

用更少的标签实现高准确度

智能样本选择

  • 不确定性采样优先展示最难的案例
  • 多样性指标保持训练数据的多样性
  • 集成差异(Ensemble disagreement)标记模糊的解剖结构

持续模型改进

  • 当您继续标注时,模型会根据新标签自动重新训练
  • 基于预训练 MONAI 捆绑包的迁移学习
  • 开箱即用支持 UNet、UNETR 和 SwinUNETR

质量保证

  • 标注期间的实时验证指标
  • 每个预测的不确定性估计
  • 自动化标签质量检查

参考引用

如何引用 MONAI Label

如果 MONAI Label 对您的研究有所帮助,请引用我们的《Medical Image Analysis》论文。

@article{monailabel2024,
    title={MONAI Label: A framework for AI-assisted Interactive Labeling of 3D Medical Images},
    author={Diaz-Pinto, Andres and Alle, Sachidanand and Nath, Vishwesh and Tang, Yucheng and Ihsani, Alvin and Asad, Muhammad and P{\'e}rez-Garc{\'i}a, Fernando and Mehta, Pritesh and Li, Wenqi and Flores, Mona and Roth, Holger R. and Vercauteren, Tom and Xu, Daguang and Dogra, Prerna and Ourselin, Sebastien and Feng, Andrew and Cardoso, M. Jorge},
    journal={Medical Image Analysis},
    year={2024},
    doi={10.1016/j.media.2024.103207}
}

连接

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文档

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人机交互工作组 (Human-AI Interaction WG)

定义 AI 辅助标注循环标准接口的工作组。

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